Organisasi sekolah yang ada di SMKN 1 Jogonalan yaitu OSIS, seperti yang ada disekolah- sekolah lain. Organisasi ini merupakan organisasi sekolah yang bersifat instrakurikuler yang dijalankan oleh para siswa dengan pembinaan dari para guru yang telah ditunjuk. OSIS merupakan organisasi siswa yang menampung aspirasi para siswa SMKN 1 Jogoalan dan merupakan induk dari organisasi ekstrakulikuler lain yang ada di SMKN 1 Jogonalan. Biasanya kegiatan yang diadakan oleh OSIS adalah upacara-upacara peringatan baik nasional maupun intern sekolah, mengadakan kegiatan lomba-lomba dalam memperingati hari-hari besar nasional maupun hari besar sekolah dan masih banyak lagi kegiatan yang dilakukan oleh OSIS.

Selain OSIS, kegiatan kesiswaan lain yang ada di SMK 1 Jogonalan adalah kegiatan eksrakulikuler seperti:

• Pramuka
• PMR
• Kesenian